این نهاد می گوید که هرگاه این کمیسیون ها به اصلاح نواقص و کاستی هایی که در دور نخست انتخابات داشتند نپردازند، دور دوم با چالش های فراوانی همراه خواهد بود.

برخی از نهاد های ناظر انتخابات خواهان آوردن اصلاحات در کار کمیسیون های انتخاباتی در دور دوم انتخابات هستند.

دیده بان شفافیت افغانستان در گزارش تازه یی از این کمیسیون ها می خواهد تا با به کارگیری از درس های دور نخست انتخابات، بر رفع نواقص و کاستی ها بپردازند.

 جانداد سپین غررییس بنیاد انتخابات شفاف افغانستان  می گوید: " گفته می توانم هرگاه درس هایی را که کمیسیون در دور نخست گرفته است به او توجه نکند و اصلاح به میان نیاورد در دور دو ما با مشکلات مشابه رو به رو خواهیم شد. در حالی که دور دو باز دور اول نیست به مراتب زمینه ساز یک بحران در افغانستان است، به این دور باید به گونه جدی توجه کنند، هردو کمیسیون از درس ها بیاموزند و اصلاحات لازم را به میان بیاورند. "

 بربنیاد گزارش دیده بان شفافیت افغانستان، عدم تفکیک صلاحیت ها میان کمیسیون های انتخاباتی، نبود دقت در شناسایی محل های رای دهی مشکوک و قابل قرنطین، چگونگی نشست های علنی کمیسیون های انتخاباتی و شیوه برگذاری آن از چالش های مهم نخستین دور انتخابات به شمار می روند.

بیشتر شدن برگه های رای دهی در محل های رای دهی، تمدید نکردن زمان رایدهی برای جلوگیری از بی نظمی ها و تقلب، هم آهنگی میان کمیسیون های انتخاباتی، توجه به محل های رای دهی برای زنان و نظارت از امور مالی نامزدان در دور دوم انتخابات از پیشنهاد های مهم دیده بان شفافیت افغانستان هستند.

 جانداد سپین غر رییس بنیاد انتخابات شفاف افغانستان می افزاید: " اگر کمیسیون شکایات بررسی های شکایات و اعتراضات را با دقت و با در نظر داشت حق مدنی کاندیدان و افراد انجام ندهد، حجم اعتراضات بیشتر خواهد شد و پذیرش نتیجه نهایی را که بسیار مهم است دشوار می سازد و این کار یک شاخص برای ناکامی روند خواهد بود."

 در این گزارش نا امنی ها و  شدت گرفتن انگیزه های قومی در انتخابات دور دوم از نگرانی های جدی بنیاد انتخابات شفاف افغانستان به شمار می روند.

با این همه دیده بان شفافیت افغانستان نظارت از انتخابات را یک اصل مهم برای مشروعیت و شفافیت انتخابات می داند و از کمیسیون مستقل انتخابات می خواهد تا ناظران جهانی زیادی را برای نظارت از دور دوم انتخابات دعوت کند.